После того, как доктору Дэниелу Джексону удалось обнаружить координаты затерянного города Древних, командование Звёздных Врат собрало международную экспедицию для его исследования во главе с доктором Элизабет Вейр. Казалось бы, что может быть проще, чем прибыть в галактику «Пегас» и оживить город Древних? Однако в этой галактике так же существуют расы, способные уничтожить как Землю, так и другие миры Млечного Пути, и называют их Рейфами и Репликаторами. В пятом сезоне на посту главы Атлантиды Саманту Картер сменил Ричард Вулси, атлантийцы встречают с другими формами жизни и продолжают борьбу с Рейфами.